根據一項新的研究，歐洲潔淨運輸非政府組織Transport & Environment（簡稱T&E）指出，歐盟提出的排放交易體系（EU ETS）會讓規模較小的船舶成為漏網之魚，讓數百萬噸的二氧化碳不會被課稅。
歐盟執委會的碳排放交易計畫目前僅規範總噸位超過5,000 GT的船隻，漁船和離岸補給船等特定產業船隻不在規定範圍內，根據T&E的統計數據，這意味著歐洲半數以上的船舶以及歐洲航運業20%的碳排將不受該法規約束，遠超過歐盟提案時估計的10%。
根據歐盟執委會，碳排放交易計畫的目標是要藉由關注高碳排船舶來減輕船隊的碳價負擔。雖然利用總噸位來區分船舶以進行規範是一種常見的做法，但T&E認為在規範碳排方面，這種方式有其缺陷。該組織呼籲，應根據船隻每年的二氧化碳排放量來設定監管方式，建議以每年碳排達1,000噸作為門檻，預計可再將12%的歐盟航運業排放量納入管理。
歐洲船東們也呼籲監管單位應進行改革，引入「汙染者付費」的機制，將財政負擔轉移至船舶營運者或承租者身上。船東本身無權控制耗油量，但根據現行法規卻必須支付燃油稅，因此仍有賴市場力量和商業談判來協助將成本轉嫁至船舶承租人身上。
歐洲船東協會（European Community Shipowers' Associations）也疾呼，歐盟碳排放交易計畫所獲得的收益應用於進行清潔航運（clean-shipping）研發以及零碳燃料補貼。
英國智庫UMAS最近的研究指出，無論歐盟法規涵蓋哪些船舶或指定哪個實體支付費用，歐盟碳排放交易計劃都不會產生預期的效果。即便以每噸67美元的碳價計算，仍無法縮小使用化石燃料和使用零碳燃料之間的差距，UMAS研究發現，交易價格必須達到此價格水平的三倍，且必須涵蓋更多國際航運量，才能產生實質的影響。
