根据一项新的研究，欧洲洁淨运输非政府组织Transport & Environment（简称T&E）指出，欧盟提出的排放交易体系（EU ETS）会让规模较小的船舶成为漏网之鱼，让数百万吨的二氧化碳不会被课税。
欧盟委员会的碳排放交易计画目前仅规范总吨位超过5,000 GT的船隻，渔船和离岸补给船等特定产业船隻不在规定范围内，根据T&E的统计数据，这意味着欧洲半数以上的船舶以及欧洲航运业20%的碳排将不受该法规约束，远超过欧盟提案时估计的10%。
根据欧盟委员会，碳排放交易计画的目标是要藉由关注高碳排船舶来减轻船队的碳价负担。虽然利用总吨位来区分船舶以进行规范是一种常见的做法，但T&E认为在规范碳排方面，这种方式有其缺陷。该组织呼吁，应根据船隻每年的二氧化碳排放量来设定监管方式，建议以每年碳排达1,000吨作为门槛，预计可再将12%的欧盟航运业排放量纳入管理。
欧洲船东们也呼吁监管单位应进行改革，引入「汙染者付费」的机制，将财政负担转移至船舶营运者或承租者身上。船东本身无权控制耗油量，但根据现行法规却必须支付燃油税，因此仍有赖市场力量和商业谈判来协助将成本转嫁至船舶承租人身上。
欧洲船东协会（European Community Shipowers' Associations）也疾呼，欧盟碳排放交易计画所获得的收益应用于进行清洁航运（clean-shipping）研发以及零碳燃料补贴。
英国智库UMAS最近的研究指出，无论欧盟法规涵盖哪些船舶或指定哪个实体支付费用，欧盟碳排放交易计划都不会产生预期的效果。即便以每吨67美元的碳价计算，仍无法缩小使用化石燃料和使用零碳燃料之间的差距，UMAS研究发现，交易价格必须达到此价格水平的三倍，且必须涵盖更多国际航运量，才能产生实质的影响。
